Si bien las Medidas Alternativas a la Reclusión surgen en Chile más como una salida al creciente problema de sobrepoblación penitenciaria, su componente doctrinario se puede asociar al modelo político criminal de Prevención de Integración. Según éste, el criterio prevalente en la determinación de los posibles fines y sentidos de la ley en la solución de los conflictos a los que se aplica en la práctica, surge de la percepción de la realidad social, sus necesidades o carencias, y de los fundamentos básicos de un Estado Democrático de Derecho. Dicho de otro modo, el sistema de ejecución penal debe estar dirigido a la organización de una sociedad compatible con la dignidad del hombre y orientado por las normas internacionales y constitucionales que consagran los Derechos Humanos.

Si la misión última del Derecho Penal es la protección de bienes jurídicos, ello se consigue satisfactoriamente teniendo en cuenta tanto la prevención general como la prevención especial y la culpabilidad. En la fase de amenaza legal de pena, prima la prevención general; en la de imposición y medición judicial, debe tenerse fundamentalmente en cuenta la culpabilidad y los derechos del imputado, sin olvidar que sirve a la confirmación de la seriedad de la amenaza penal y a la intimidación individual (prevención general y especial respectivamente); y por último, la fase de ejecución de la pena debe estar guiada por las ideas de rehabilitación y reinserción sociales (prevención especial positiva). Entendida de esta manera, la pena, para ser justa, debe ser necesaria y útil y debe tener un fin social.

El efecto de pacificación se produce cuando el culpable de un delito ha hecho lo suficiente para que el conflicto social se solucione a pesar de la infracción normativa. Este efecto se consigue con la imposición de la pena adecuada a la culpabilidad, cuyo sentido jurídico es que nadie puede ser sancionado con una pena más dura a la que merece en correspondencia con su culpabilidad. Con ello se mantiene su efecto preventivo general, sin llegar a la exageración de la pena de intimidación. Pero además, el límite mínimo de la pena adecuada a la culpabilidad puede ser rebajado, incluso hasta la no ejecución de la pena, por razones de prevención especial. De hecho, la sociedad tolera una cierta renuncia a la pena adecuada a la culpabilidad ante el reconocimiento de la necesidad y/o utilidad de la rehabilitación y reinserción social de quien ha cometido un delito. En los casos que la rebaja de la pena por razones de prevención especial suponga una pérdida de confianza en el ordenamiento jurídico o que no se tome en serio la sanción, entonces la prevención de integración operará como límite mínimo de la pena que no se puede rebajar. Esto permite el surgimiento de la reparación del daño y las Medidas Alternativas a la Reclusión dentro del sistema de respuestas penales al delito, pues tienen efectos resocializadores para el condenado y prestan una significativa contribución a la restauración de la paz jurídica y social.

Si el Derecho Penal sirve a la protección del individuo frente al poder punitivo Estatal, y de la sociedad frente a los ataques individuales contra sus bienes jurídicos, es necesario encontrar un equilibrio entre lo favorable al condenado y lo favorable a la sociedad. Este equilibrio se sostiene, por un lado, a través del mantenimiento de la culpabilidad y con la consideración de criterios preventivos especiales (plasmación de lo favorable al condenado) y, por otro, con la fundamentación preventivo general del Derecho Penal (reflejo indirecto de lo favorable a la sociedad). Mientras los conocimientos empíricos sobre la eficacia preventivo general de la pena no sean definitivos, no se puede cargar sobre el condenado el peso de esa irracionalidad. Cualquier restricción de la libertad debe estar suficientemente fundada y cuando el argumento de la mayor restricción de la libertad es un dudoso efecto preventivo general, debieran primar los criterios preventivos especiales.

Con la Reforma Procesal Penal, la opinión doctrinal está a favor del respeto a las garantías y derechos fundamentales del imputado: en caso de conflicto entre los fines preventivos generales y preventivos especiales de la pena, el carácter jerárquico superior de los derechos constitucionales de las personas obliga a sacrificar la meta utilitaria preventivo general, en tanto no sea compatible con estos derechos. En este orden de ideas, las Medidas Alternativas a la Reclusión han prevalecido como una alternativa de cumplimiento penal para aquellos casos que cumplen dos características fundamentales: sujetos sin antecedentes penales previos y que han cometido delitos considerados menos graves. En estos casos, los fines retributivos y preventivo generales en las penas resultan inútiles, incompatibles con la dignidad de las personas, e irrelevantes comparados con los beneficios que implicaría reinsertarlas socialmente.